1. Latvijas un Latgales reģiona apkārtējās dabas vides parametru nodrošināšanas zinātniskie un praktiskie pētījumi drošas un labvēlīgas cilvēka dzīves kvalitātes saglabāšanai, garīgajai attīstībai un tautsaimniecības izaugsmei.
2. Latvijas un Latgales reģiona tautas kultūras, garīgā mantojuma izpēte, saglabāšana un attīstības nodrošināšana, vēsturiskā un prognostiskā kultūras analīze.
3. Latgales ekonomiskās un sociālās izaugsmes problēmu izpēte un zinātniskais nodrošinājums kontekstā ar Latvijas Republikas un Eiropas Savienības ekonomikas attīstību.
4. Jaunatnes izglītošanas un kvalificētu speciālistu sagatavošanas efektivitātes pedagoģisko aspektu kompleksā izpēte un zinātniskais nodrošinājums.
5. Latvijas Republikas tiesiskās sistēmas problēmu izpēte Eiropas Savienības un pasaules juridisko zinātņu attīstības kontekstā un to realizācijas zinātniskais nodrošinājums.
6. Informāciju tehnoloģiju attīstības un praktiskās izmantošanas Latgales reģiona un Latvijas Republikas aktuālo praktisko jautājumu un augsta līmeņa zinātnisko pētījumu nodrošināšana.

Rēzeknes Augstskolā zinātniskais darbs noris sešās zinātnisko pētījumu programmās:

1. Informācijas tehnoloģiju attīstība.
2. Vides aizsardzības un vides tehnoloģiju problēmu izpēte.
3. Latgales reģionālās ekonomikas attīstības teorētiskie aspekti.
4. Skolu pedagoģiskā un studiju procesa pētījumi.
5. Latgales vēstures, valodu un kultūrvides izpēte.
6. Latvijas tiesību sistēmas attīstība.